В 1973 г. в составе юниорской сборной СССР выиграл золотые медали чемпионата Европы, в 1974 г. повторил успех в составе молодёжной сборной на мировом первенстве. Однако во взрослую сборную СССР никогда не привлекался.

В 1976 г. стал чемпионом СССР в составе московского «Спартака».

Тренерскую деятельность Канарейкин начал в 90-е, несколько лет поработав в австрийском и швейцарском чемпионатах. На родине Фёдор начал с работы в московских «Спартаке» и «Крыльях», где прошла и большая часть его игровой карьеры.

25 сентября 2006 г. Канарейкин сменил на посту главного тренера магнитогорского «Металлурга» канадского специалиста Дэйва Кинга, у которого Фёдор до этого работал помощником.

21 декабря 2007 г. Канарейкина увольняют с должности главного тренера «Магнитки». Однако не прошло и месяца, и Фёдор вернулся к работе, возглавив подмосковный «Химик». Из оставшихся 19 матчей гладкого чемпионата «Химик» выигрывает 14 и заканчивает регулярку на 4-м месте в общей таблице, однако в плей-офф неожиданно оступается уже в первом раунде — поражение от «Северстали» 2-3 в серии. Несмотря на эту неудачу, клуб подписывает с Канарейкиным новый двухлетний контракт.

27 октября 2009 г. Канарейкин был отправлен в отставку с поста главного тренера «Атланта» (новое название «Химика»).

8 октября 2011 г. Канарейкин сменил Александра Баркова на посту главного тренера магнитогорского «Металлурга».

С 31 октября 2012 года — главный тренер московского «Спартака», оказавшегося в тяжелом положении (на этот момент «Спартак» занимал 13-е место в Западной конференции (23 очка в 22 матчах), а из последних восьми матчей выиграл лишь один).

Читайте так же